La première ville fondée par les Espagnols fut San Miguel de Piura, non daté exacte que peut-être le 7 juillet 1532.
Francisco Pizarro, après fonder San Miguel, partit à Jayanca, Túcume et Zaña pour arriver à Cajamarca le 25 novembre 1532, où après capturer à l'Inca Atahualpa et l'exécuter lui le 26 juillet 1533 sortit à destination du Cuzco (11 août) suivant la route de Huamachuco- Callejón de Huaylas -Tarma et Jauja, pour arriver finalement le 14 novembre 1533.
Après la fondation hispanique du Cuzco (23 mars 1534) il y avait nouvelles au sujet de l'expédition du gouverneur du Guatemala, avancé Pedro d'Alvarado qui s'approchait au Pérou de l'Équateur. Pour ceci motif, Diego d'Almagro fut recommandé à retarder lui dans son incursion.
Pendant ce temps, Francisco Pizarro alla à la vallée du Mantaro, où il fonda Jauja le 25 avril 1534, étant celle-ci la deuxième ville fondé dans Pérou.

Almagro et signer un accord réussit à interviewer avec Alvarado dans les proximités de Quito (août de 1534) il offert à payer la somme de 100 000 pesos au changement que Pedro d'Alvarado renonçât en sa tentative de conquête. Telle négociation devrait être liquidée par Pizarro. Pour ces les deux personnages voyagèrent au sanctuaire de Pachacamac, arrivant au lieu le premier jour de 1535.

Il alla dans le trajet à Pachacamac que Diego d'Almagro s'arrêta à fonder la ville de Trujillo, nom dédié a la ville natale de Pizarro. Il est difficile indiquer la date exacte de fondation, puisqu'i n'existent pas les actes. L'unique chose sûre c'est qui se fit aux fins de 1534.
Martin de Estete alla commissionné par Almagro pour dessiner et diviser les lignées. On ne peut pas indiquer le numéro de pâté de maison, on dit qui furent 24, chacune divisée en trois lignées longitudinales. Trujillo resta alors dessinée comme un damier. Cette forme des villes espagnoles est d'origine romaine et fut actualisé à partir de la renaissance. Il permettait une majeure sécurité, puisqu'en cas de siège, la population pouvait se réfugier dans la Place Majeure, défendue par l'artillerie qui contrôlait ses accès.

Martin de Estete nomma comme premiers maires à Rodrigo Lozano et Blas de Atienza, deux des 31 voisins fondateurs.
Francisco Pizarro après fonder la ville de Lima, le 18 janvier 1535, arriva au Trujillo à ratifier sa fondation. Il le fit sous le patronat de l'apôtre Santiago, le 3 mars 1535. L’intention fut avoir un noyau urbain qui fût en passant à la moitié entre Lima et San Miguel, se consolidant ainsi le territoire de la Nouvelle Castille qui couvrait de l'Équateur au Cuzco d'accord aux dispositions du Roi.
On construisit d'abord l'église mère, ensuite la Mairie, la maison de l'autorité civile et ensuite celle des voisines.