L'étape de l'indépendance commence avec la rébellion de José Gabriel Condorcanqui, Túpac Amaru II, noble indigène qui se souleva contre les abus du corregidor et l'administration de la vice-royauté. Le 4 novembre 1780, Túpac Amaru II prit prisonnier au corregidor de la province de Tinta, Cusco, et peu de temps le condamna à la mort. Ce fait obligea à une dure répression du vice-roi. Les forces inca eurent différentes victoires, mais finalement ils furent vaincus le 5 avril. Túpac Amaru II fut capturé et exécuté aussi de toute sa famille, le 18 mai du même an. On calcule que environ cent mille personnes moururent dans ces rébellions

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Malgré l'échec indigène, cette rébellion eut une grande transcendance dans la société coloniale, il est connu que dans ce mouvement ne participent pas seulement indigènes, mais encore quelques Créole qu'avaient aidé à financer cette lutte. Son objectif était arrêter de continuer à payer imposés à la couronne espagnole. Pour éviter futures soulèvements se supprimaient les curacazgos, les remplaçant par les maires d'Indiens. L'utilisation de vêtements incas a été interdit et les portraits des Incas furent détruire, en outre qui se défendit les écrits en quechua.

L'arrivée du général argentin José de San Martin, le 8 septembre 1820, signifia une nouvelle étape dans la lutte par l'indépendance. San Martin venait de libérer le Chili, (5 avril 1818), après vaincre à l'armée espagnole dans la bataille de Maipú.
San Martin, arriva au Pérou avec une armée d'à peu près 4 000 soldats, néanmoins, cette armée fut battant adeptes produit des désertions de soldats qui appartenaient à l'armée réaliste. En différentes villes du Pérou, les citadins à la faveur de l'indépendance organisèrent actes de proclamation.

Le vice-roi La Serna considéra que la meilleure manière de conserver sa charge était se déplaçant à la montagne. Ceci permit que Lima restât à la merci de l'armée patriote. Don José de San Martin rentra triomphant au capital le 6 juin 1821. Postérieurement il proclama l'indépendance du Pérou, le 28 juillet  1821.
S'établit le Protectorat comme la forme de gouvernement, mené par San Martin. Le projet du protecteur était conservateur, l'idée était chercher dans l'Espagne un prince qui se fît charge du trône du Pérou.
En juillet 1822 le général José de San Martin voyagea au Guayaquil avec la fin d'avoir un entretien avec le général Vénézuélien Simón Bolívar. Cette réunion ne fut pas favorable pour San Martin, par ce que décida d'abandonner le Pérou, le 20 septembre 1822.

Simón Bolívar arriva au Pérou le 1 septembre 1823. Il fut le vrai organisateur de l'armée péruvienne qu'eut sa première preuve de feu dans les pampas de Chacamarca, Junín. Il fut ici où l'armée péruvienne obtint sa première victoire, le 6 août 1824. Il ne s'écouta pas de seul coup de feu, seul le bruit des sabres. Les Espagnols furent vaincus grâce à l'apparition surprenante du bataillon de régiment connu comme Hussards du Pérou, commandée par le général Guillermo Miller.

À Ayacucho, pampa de la Quinua, se consolida l'indépendance. Le matin du 9 décembre 1824, les troupes patriotes sous la commande d'Antonio José de Sucre, affrontèrent les réalistes dirigées par le vice-roi La Serna. Tout près des deux de l'après-midi, le triomphe patriote était consommé, le vice-roi avait été blessé et capturé. On procéda alors à signer la capitulation dans le même champ de bataille. Ce document signifia la naissance du Pérou comme nation indépendante.