La première fois que les Espagnols arrivèrent au territoire péruvien alla pendant le deuxième voyage de Francisco Pizarro en 1527. Ils traversèrent grande partie de la côte nord: Paita, Séchera, Pacasmayo, jusqu'à l'embouchure du fleuve Santa d'où ils décidèrent de revenir au Panama. Après cet événement Pizarro voyagea à l'Espagne. Les trois associés de la conquête Francisco Pizarro, Diego d'Almagro et Hernando de Luque se dirigea à Tolède où ils obtinrent la signature de Capitulation de Tolède, le 26 juillet 1529. Pizarro a  été désigné avec le titre de gouverneur, capitaine général, avancé et gendarme majeur du Pérou.

Avec autorisation officielle de la couronne espagnole les trois associés partirent de Panama au Pérou le 20 janvier 1531, avec 180 hommes et 39 chevaux. Après avoir passé plus de quatre mois dans l'île de Puna, débarquèrent dans Tumbes, en avril 1532.
Le 15 août 1532, Pizarro fonda la première ville espagnole du Pérou, San Miguel de Tangarará. Postérieurement, ils marchèrent vers Cajamarca où ils savaient qui se trouvait l'Inca Atahualpa. Ils arrivèrent le 15 novembre 1532. À Cajamarca on convint un entretien avec l'Inca pour le matin suivant. Le 16 novembre, après un bref entretien dans la Place d'Armes, l'Inca fut capturé et milliers d'Indiens ont été assassin. Atahualpa était arrivé avec une armée désarmée méprisant la puissance de guerre des Espagnols qu'aidés par groupes ennemis à l'Inca réussirent à braquer un dur coup aux forces inca.

Atahualpa resta presque prisonnier neuf mois. Il avait offert remplir deux chambres d'argent et une d'or en échange de sa liberté. Néanmoins, il fut vilement trompé et finalement il fut assassiné dans la Place d'Armes de Cajamarca le 26 juillet 1533. Initialement il fut condamné à la peine du bûcher, mais à l'avoir accepté le baptême la peine fut échangé par celle du garrot. Les Espagnols se partagèrent une considérable bottine, appartenant à la couronne espagnole la cinquième partie (cinquième royal).

Après ces événements Pizarro décida de partir vers le Cusco, sortant le 11 août 1533. Dans la route, dans le village de Jaquijahuana apparut à sa rencontre  Manco Inca Yupanqui, fils de l'Inca Huayna Cápac, qui réclama les droits de succession. Pizarro le proclama comme Inca et Seigneur des Quatre Suyos (Régions). Le 14 novembre 1533 les Espagnols avec le nouvel Inca arrivèrent à Cusco, le village les reçut avec le charabia, considérant au Pizarro comme le dieu Huiracocha “L'auteur du monde” et vengeur de la mort de l'Inca Huáscar.

Pizarro fonda quatre mois après, le 23 mars 1534, Cusco comme ville espagnole. Postérieurement, le 25 avril 1534, il fonda la ville de Jauja comme capital de son gouvernement.
Manco Inca, après connaître les vraies intentions des Espagnols dans le Pérou, organisa une rébellion que termina avec le cercle du Cusco, le 3 mai 1536. La lutte se décida à la faveur des Espagnols, qui le 16 mai prirent la forteresse de Sacsayhuaman. Pour ça, les Espagnols eurent l'appui des huancas, cañaris, Chachapoyas, tarmas, huacas, Yauyos et chancas. Un héros de cette lutte fut le général inca Cahuide qui préféra se lancer depuis la forteresse avant qu'être capturé.
Une autre révolte menée par Titu Yupanqui s'était produite à Lima, néanmoins, ce personnage fut vaincu et assassiné.

Diego de Almagro avait échoué dans son expédition au Chili. Désespéré par richesses captura Gonzalo Pizarro et Alfonso de Alvarado qui était arrivé de la zone de Chachapoyas. Le plan d'Almagro était de prendre Cusco. Néanmoins, pendant que Almagro voyagea au Chincha il eut nouvelles que les prisonniers s'étaient enfuis.
Le 6 avril 1538, Almagro s'affronta dans la campagne de bataille contre Hernando Pizarro. Celle-ci se produisit dans Salinas, tout près du Cusco. Diego de Almagro fut pris prisonnier et exécuté dans le garrot.
Le fils de Diego de Almagro “El Mozo” fut qui dirigea le groupe des almagristas dans son ardeur de vengeance. Celui fut le groupe que finalement à Lima a assassiné à Francisco Pizarro, le 26 juin 1541, le prétexte fut que Francisco Pizarro décidait de tuer à Almagro “El Mozo.” La chance de “El Mozo” était écrit, puisqu'il fut capturé et exécuté par les troupes menées par Cristóbal Vaca de Castro, envoyé par le roi de l'Espagne à mettre ordre.

La vice-royauté du Pérou, fut établie le 20 novembre 1542, se désignant comme premier vice-roi à Blasco Núñez de Vela. Ce personnage fut fait prisonnier et exécuté à Quito par le groupe rebelle mené par Gonzalo Pizarro.
Le successeur du premier Vice-roi fut Pedro de la Gasca, sa mission était capturer Gonzalo Pizarro. Dans la bataille de Jaquijahuana, le 9 avril 1548, sa mission fut accomplie. Gonzalo Pizarro fut décapité et enterré dans l'Église de La Merced de Cusco, par hasards de la destinée il fut enterré près de deux de ses ennemis, Diego de Almagro et son fils “El Mozo.”